HACCPの導入を組織として決定したならば、7原則12手順という工程がありますので通常この工程に沿って進めます。
まず、手順1はHACCPの第一歩となるチームの編成です。実務に精通した人を中心に編成され、場合によっては外部の専門家のアドバイスも受けます。2はレシピや仕様書といった製品の説明書の作成です。3も説明書の作成ですが、製品の情報、例えば、原材料は何を使用しているのか・加熱の有無・包装の仕様・企画・期限表示・保存方法などをまとめ、意図される使用方法を確認します。4は製造工程の一覧図の作成です。原材料の受け入れから最終製品の出荷までの作業内容が分かるような図を作成します。
5は製造工程一覧図をもとに、現場の作業内容と照合してヒト・モノの動きが一致しているか確認し修正をすることです。6（原則1）は危険要因を分析し、工程ごとの危険要因について被害の重大性や対策について考えます。7（2）は必須管理点という衛生管理上不可欠なこと、例えば、病原微生物が最終殺菌・滅菌される工程などのことです。8（3）は管理基準の設定で、必須管理点での管理すべき基準点、つまり温度や時間を決めます。
9（4）は必須管理点での管理基準をどのようにモニタリングするかということです。10（5）はHACCPの役割といえることで、管理基準から逸脱した場合の是正措置について設定します。11（6）はHACCPがプラン通りに実施されているかを検証するですが、内部検証と外部検証があります。最後の手順12（原則7）は記録・文書化・保管システムの確立で、安全性の問題が生じた時にトレースが可能になるようにしておくことです。